少年田神悠宇为了调查父亲死亡之谜而来到了位于萨摩亚群岛东南部2000公里的秘密岛屿“奥斯特拉尔岛”（オウストラル岛），在这里他遇到了父亲的朋友威布博士的女儿托丽丝，并与威布的朋友“船长”一起开始出发冒险。但由于他们受到了意欲独占岛上秘密的国际联合企业与罪犯集团的袭击而坠到了岛上，并发现了谜之怪兽。在险象环生之际，蓝色的巨人高古出现并保护了悠宇等人。超越了遥远时空的少年与巨人的相遇，拉开了故事的序幕。